* Overlappende activiteiten: De verschillende categorieën van onderhoud (correctief, adaptief, perfectief, preventief) overlappen elkaar vaak en vinden gelijktijdig plaats. Een enkele wijziging kan in één keer een bug verhelpen (corrigerend), de prestaties verbeteren (perfectief) en zich aanpassen aan een nieuw besturingssysteem (adaptief). Dit maakt het moeilijk om de inspanningen netjes te categoriseren.

* Subjectiviteit in classificatie: De classificatie van onderhoudsactiviteiten kan subjectief zijn. Wat de ene ontwikkelaar als een prestatieverbetering beschouwt, kan een andere zien als simpelweg het oplossen van een knelpunt. Er is geen enkele, universeel aanvaarde definitie voor elke categorie, wat leidt tot inconsistenties in de classificatie.

* Gebrek aan duidelijke documentatie: Onderhoudstaken worden niet altijd minutieus gedocumenteerd met duidelijke redenen en classificaties. Dit maakt het moeilijk om achteraf de aard van onderhoudsinspanningen uit het verleden te analyseren. Een eenvoudige vermelding van een 'fixed bug' in een log maakt niet duidelijk of de oplossing een snelle patch was of een diepe duik in de systeemarchitectuur.

* Evolutie van software: Naarmate software evolueert, kan het oorspronkelijke doel van een component of module in de loop van de tijd veranderen. Wat oorspronkelijk als een corrigerende oplossing werd beschouwd, zou later de basis kunnen worden voor een nieuwe functie, waardoor de grenzen tussen correctief en perfectief onderhoud vervagen.

* Onderlinge afhankelijkheid van modules: Een wijziging in één deel van de software kan onverwachte gevolgen hebben in andere delen, waardoor verdere wijzigingen nodig zijn die mogelijk onder verschillende onderhoudscategorieën vallen. Het opsporen van de oorspronkelijke reden voor een onderhoudstaak wordt steeds complexer.

* Tijdbeperkingen en druk: Ontwikkelaars die onder druk staan ​​om snel oplossingen te leveren, nemen mogelijk niet de tijd om hun werk nauwkeurig te classificeren, waarbij opportuniteit prioriteit krijgt boven nauwgezette categorisering.

In wezen is software-onderhoud zelden een netjes, gecompartimenteerd proces. De vloeibaarheid van de levenscyclus van softwareontwikkeling en de complexiteit van grote systemen maken nauwkeurige categorisering tot een aanzienlijke uitdaging. In plaats van rigide classificaties is het vaak praktischer om een ​​spectrum aan onderhoudsactiviteiten te beschouwen in plaats van afzonderlijke categorieën.