| Het SDF (Structure Data Format) wordt voornamelijk gebruikt om de chemische structuren van moleculen weer te geven . Het is een veelgebruikt bestandsformaat in de schei-informatica en computationele chemie. Een SDF-bestand kan een of meer moleculen bevatten, elk met de bijbehorende structurele informatie en mogelijk aanvullende eigenschappen.
De informatie die in een SDF-bestand is gecodeerd, kan het volgende omvatten:
* Moleculaire connectiviteit: De atomen en bindingen waaruit het molecuul bestaat.
* Atoomtypen: Het elementtype van elk atoom (bijvoorbeeld C, H, O, N).
* Atoomcoördinaten (3D): De ruimtelijke locatie van elk atoom, waardoor visualisatie van de 3D-structuur van het molecuul mogelijk is.
* Moleculaire eigenschappen: Verschillende gegevens die verband houden met het molecuul, zoals molecuulgewicht, logP (partitiecoëfficiënt octanol-water), SMILES-reeks, InChI-sleutel, enz.
SDF-bestanden zijn doorgaans op tekst gebaseerd en gebruiken een specifiek formaat met regels die beginnen met `> ` om eigenschappen en datablokken aan te duiden die het atoom en de bindingsinformatie bevatten. Hun flexibiliteit maakt ze geschikt voor het opslaan van grote verzamelingen moleculaire structuren en de bijbehorende gegevens, waardoor ze een populaire keuze zijn voor databases en virtuele screeningtoepassingen. |
