De instellingen *beheerd* door msconfig worden echter op verschillende locaties opgeslagen, voornamelijk in het Windows-register. Deze registersleutels bevatten informatie met betrekking tot:

* Opstartprogramma's: Op het tabblad "Opstarten" in msconfig worden programma's vermeld die automatisch worden gestart bij het opstarten van Windows. De gegevens met betrekking tot deze programma's worden opgeslagen op verschillende registerlocaties, inclusief maar niet beperkt tot `HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run` en `HKEY_CURRENT_USER\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run`. Deze sleutels bevatten vermeldingen die het pad van het programma en andere startparameters specificeren.

* Systeemservices: Op het tabblad "Services" worden alle Windows-services vermeld. Hoewel msconfig services kan in- en uitschakelen, bevinden de daadwerkelijke servicedefinities zich op andere locaties, voornamelijk in de servicedatabase zelf, die niet direct een eenvoudig tekstbestand is dat u gemakkelijk kunt bewerken.

* Opstartopties: Op het tabblad "Opstarten" kunt u de opstartopties beheren, zoals de veilige modus en het aantal processors dat tijdens het opstarten wordt gebruikt. Deze instellingen worden opgeslagen in de Boot Configuration Data (BCD)-opslag, een eigen database en geen eenvoudig tekstbestand.

* Stuurprogramma-opties: Dit gebied heeft betrekking op stuurprogramma's en is op veel locaties terug te vinden, inclusief de register- en hardwareconfiguratie-informatie.

Kortom, u kunt het "msconfig-bestand" niet bekijken of bewerken omdat het niet als één enkel bestand bestaat. De instellingen die het beheert, zijn verspreid over het Windows-systeem, voornamelijk in het register en de BCD-winkel. Pogingen om het register rechtstreeks te bewerken zonder de juiste kennis worden ten zeerste afgeraden, omdat dit kan leiden tot systeeminstabiliteit of falen. Gebruik het msconfig-hulpprogramma zelf om deze instellingen te wijzigen.