* Bestandsprogramma's: Deze worden doorgaans opgeslagen in mappen binnen de bestandsstructuur van het besturingssysteem. De exacte locatie varieert afhankelijk van het besturingssysteem en hoe het programma is geïnstalleerd:

* Vensters: Veel voorkomende locaties zijn `C:\Program Files`, `C:\Program Files (x86)` en de map `AppData` van de gebruiker. Programmabestanden worden vaak in submappen binnen deze locaties geplaatst, georganiseerd door de software-uitgever.

* macOS: Applicaties zijn doorgaans te vinden in de map `/Applications`.

* Linux: De locatie is sterk afhankelijk van de distributie en hoe de software is geïnstalleerd. Veel voorkomende locaties zijn `/usr/bin`, `/usr/local/bin` en de thuismap van de gebruiker.

* Snelkoppelingen: Dit zijn verwijzingen (of links) naar de daadwerkelijke programmabestanden. Ze bevatten niet het programma zelf, maar vertellen het besturingssysteem waar het te vinden is.

* Vensters: Snelkoppelingen hebben doorgaans de extensie `.lnk` en bevinden zich vaak op het bureaublad, in het Start-menu of in andere mappen.

* macOS: Snelkoppelingen worden weergegeven door aliassen (die verschijnen als een pictogram met een pijl). Deze kunnen zich overal bevinden waar een bestand kan worden geplaatst, zoals het bureaublad of in mappen.

* Linux: Snelkoppelingen, of symbolische koppelingen, zijn doorgaans bestanden met de extensie `.lnk` in sommige bureaubladomgevingen (zoals KDE), of worden weergegeven door daadwerkelijke symbolische koppelingen (bijvoorbeeld `ln -s`). De locatie is afhankelijk van de gebruikte desktopomgeving en waar de gebruiker deze wil plaatsen.

Kortom, de programmabestanden zelf worden opgeslagen in speciale programmamappen, terwijl snelkoppelingen (aliassen of symbolische links) worden opgeslagen op verschillende locaties die toegankelijk zijn voor de gebruiker om gemakkelijke toegang tot deze programma's te bieden.