1. Ondersteuning voor grotere bestanden en partities: FAT32 heeft een maximale bestandsgrootte van 4 GB en een partitiegroottelimiet (hoewel dit kan worden omzeild met technieken zoals het overspannen van partities). NTFS heeft veel grotere limieten, waardoor het zonder beperkingen geschikt is voor het opslaan van grote bestanden zoals video's en afbeeldingen met een hoge resolutie.

2. Beveiligingsfuncties: NTFS biedt robuuste beveiligingsfuncties, waaronder toegangscontrolelijsten (ACL's) die gedetailleerde controle over bestandsrechten mogelijk maken. Hierdoor kunnen verschillende machtigingen worden ingesteld voor verschillende gebruikers en groepen, waardoor een betere gegevensbescherming en beveiliging wordt geboden dan FAT32, dat beperkte beveiligingsmogelijkheden heeft.

3. Journaling: NTFS is een journaling-bestandssysteem. Dit betekent dat het een logboek bijhoudt van wijzigingen in het bestandssysteem, waardoor gegevensconsistentie en herstel worden gegarandeerd in geval van systeemcrashes of stroomstoringen. FAT32 beschikt niet over journalisering, waardoor het in dergelijke scenario's kwetsbaarder is voor gegevenscorruptie.

4. Verbeterde prestaties en efficiëntie: NTFS biedt over het algemeen betere prestaties, vooral op grotere schijven en bij frequente bestandsbewerkingen, vanwege de efficiëntere datastructuren en algoritmen vergeleken met FAT32. Dit vertaalt zich in hogere lees-/schrijfsnelheden en een verbeterde algehele reactiesnelheid van het systeem.