* Offlinetoegangsbeperking: POP downloadt e-mails naar het apparaat van de gebruiker en verwijdert ze vervolgens meestal van de server. Dit betekent dat u alleen toegang heeft tot uw e-mails vanaf het apparaat waarop u ze hebt gedownload. Als u vanaf meerdere apparaten toegang wilt krijgen tot uw e-mails, moet u ze afzonderlijk naar elk apparaat downloaden.

* Geen synchronisatie: In verband met het bovenstaande synchroniseert POP geen e-mails tussen apparaten. Wijzigingen die op één apparaat zijn aangebracht (zoals het markeren van een e-mail als gelezen of verwijderd), worden niet doorgevoerd op andere apparaten.

* Beperkt mapbeheer: Met POP kunt u doorgaans alleen e-mails downloaden naar één map op uw apparaat. Het organiseren van uw e-mails in verschillende mappen op de server is niet mogelijk; organisatie is beperkt tot uw lokale klant.

* Beveiligingsproblemen (met standaardinstellingen): Hoewel het niet inherent onveilig is, kan het standaardgedrag van POP, namelijk het verwijderen van e-mails van de server, een veiligheidsrisico vormen als uw apparaat kwijtraakt of wordt gestolen. Al uw e-mails zouden ontoegankelijk zijn, tenzij u deze zo hebt geconfigureerd dat kopieën op de server achterblijven, wat een aantal voordelen teniet doet.

* Verlies van informatie in de e-mailheader (soms): Bij sommige POP-implementaties kan informatie in de e-mailheaders worden afgekapt of verloren gaan, wat belangrijk kan zijn voor het volgen, filteren en beheren van e-mails, vooral voor geavanceerde gebruikers of beheerders.

Kortom, POP is eenvoudig, maar mist de functies en flexibiliteit van moderne e-mailprotocollen zoals IMAP voor het beheren van e-mails op meerdere apparaten en locaties. Het is geschikt voor gebruikers die slechts vanaf één apparaat toegang hebben tot hun e-mail en zich geen zorgen maken over de beperkingen.