* Beperkte upgrademogelijkheden: Hoewel sommige componenten modulair zijn, beperkt het moederbord zelf vaak de upgrademogelijkheden. Als u een moederbord kiest, beperkt u zich tot compatibele CPU's, RAM-typen en uitbreidingsslots. Voor een upgrade kan het nodig zijn om het hele moederbord te vervangen, een kostbaar en tijdrovend proces.

* Enig foutpunt: Een defect moederbord maakt het hele systeem onbruikbaar. Het vervangen ervan kan moeilijk en duur zijn, vooral als het een ongebruikelijk model is.

* Beperkingen qua formaat en vormfactor: Moederborden zijn er in verschillende maten en vormfactoren (ATX, micro-ATX, mini-ITX, enz.), die de totale grootte en het ontwerp van de computerbehuizing beperken, en bijgevolg de mogelijkheden voor maatwerk en uitbreiding.

* Warmtegeneratie: Moederborden bevatten veel componenten die warmte genereren, wat de prestaties en levensduur negatief kan beïnvloeden als ze niet goed worden beheerd met voldoende koeling.

* Kosten: Moederborden kunnen een aanzienlijk deel van de totale kosten van een computer bouwen, vooral duurdere modellen met geavanceerde functies.

* eigen ontwerpen en compatibiliteitsproblemen: Verschillende fabrikanten gebruiken verschillende ontwerpen en chipsets, waardoor mogelijk compatibiliteitsproblemen tussen componenten ontstaan. Dit kan het upgraden of oplossen van problemen bemoeilijken.

* Elektromagnetische interferentie (EMI): Moederborden zijn complexe printplaten en kunnen EMI genereren, wat kan interfereren met andere elektronische apparaten. Er wordt gebruik gemaakt van afscherming om dit te verzachten, maar dit is niet altijd perfect.

Het is belangrijk op te merken dat dit geen nadelen zijn van het *hebben* van een moederbord, maar eerder beperkingen die inherent zijn aan het huidige ontwerp en de implementatie van dit essentiële computeronderdeel. Toekomstige innovaties zouden een aantal hiervan kunnen aanpakken, maar een fundamenteel integratie- en controlecentrum zoals een moederbord zal in de nabije toekomst waarschijnlijk een noodzakelijk onderdeel blijven van de meeste computersystemen.