* Afzonderlijke bestandssystemen: Dual-boot-systemen hebben doorgaans afzonderlijke partities voor elk besturingssysteem. Een virus dat zich op één partitie bevindt (bijvoorbeeld een Windows-partitie) zal doorgaans niet rechtstreeks de bestanden op een andere partitie infecteren (bijvoorbeeld een Linux-partitie), tenzij het specifiek hiervoor is ontworpen en over de noodzakelijke rechten beschikt om toegang te krijgen tot die partities en deze te wijzigen.

* Bootloader-targeting: Een waarschijnlijker scenario is een virus dat zich richt op de bootloader (zoals GRUB of Windows Boot Manager). Als de bootloader gecompromitteerd is, *kan* dit voorkomen dat beide besturingssystemen correct opstarten of slecht functioneren op een manier die van invloed is op beide ingangen. Dit komt omdat de bootloader verantwoordelijk is voor het selecteren van welk besturingssysteem moet worden geladen. Als het beschadigd is, functioneert het mogelijk niet goed of wordt het omgeleid naar kwaadaardige code.

* Master Boot Record (MBR)-infecties: Een virus dat de MBR infecteert (hoewel minder vaak voorkomend bij moderne systemen die GPT-partitionering gebruiken) zou beide besturingssystemen kunnen verstoren, aangezien de MBR het initiële opstartpunt voor het hele systeem is.

* Netwerkgebaseerde virussen: Als het virus op een netwerk is gebaseerd en beide besturingssystemen op het netwerk zijn aangesloten, is het mogelijk dat beide onafhankelijk van elkaar worden geïnfecteerd. Dit is echter niet specifiek voor dual-booting.

Samengevat: Hoewel een virus dat beide OS-partities gelijktijdig infecteert ongebruikelijk is, kan een virus dat zich richt op de bootloader of MBR beide dual-boot-items beïnvloeden. Het meest waarschijnlijke scenario is infectie van het ene besturingssysteem, waardoor het andere onaangetast blijft, tenzij het virus zich specifiek richt op het opstartproces of netwerkgebaseerde verspreidingsmogelijkheden heeft.