Beperkt lidmaatschap: Niet alle landen zijn lid van de IAEA, en sommige niet-lidstaten zijn mogelijk niet onderworpen aan hetzelfde niveau van toezicht en toezicht als de lidstaten. Dit kan gaten creëren in het mondiale nucleaire non-proliferatieregime en het moeilijker maken om de ontwikkeling van kernwapens op te sporen en te voorkomen.

Concurrerende nationale belangen: Het werk van het IAEA kan worden beïnvloed door concurrerende politieke en nationale belangen tussen de lidstaten. Dit kan het voor het agentschap lastig maken om zijn onafhankelijkheid en onpartijdigheid te behouden, en het kan de besluiten en aanbevelingen van de bestuursorganen van de IAEA beïnvloeden.

Gebrek aan middelen: De begroting en middelen van de IAEA kunnen beperkt zijn, wat haar vermogen kan beperken om haar mandaat effectief uit te voeren en te reageren op nieuwe uitdagingen op het gebied van nucleaire non-proliferatie.

Proliferatie van technologie betreft het volgende: Sommige critici beweren dat de IAEA-inspecties en monitoringinspanningen onbedoeld landen kunnen helpen bij het ontwikkelen van nucleaire technologieën die voor militaire doeleinden kunnen worden gebruikt in plaats van voor vreedzame toepassingen.

Risico op politisering: Er bestaat een risico dat het werk en de besluitvorming van het IAEA gepolitiseerd raken, vooral in gevallen waarin er concurrerende geopolitieke belangen in het spel zijn. Dit zou de geloofwaardigheid van het agentschap en zijn vermogen om objectieve en onpartijdige beoordelingen te geven kunnen ondermijnen.