Incompatibiliteit met bestaande systemen: Linux is niet compatibel met alle Windows- en macOS-software, wat problemen kan veroorzaken als een bedrijf die applicaties moet gebruiken. Dit kan een grote belemmering vormen voor de adoptie, vooral voor grote organisaties met complexe IT-infrastructuren.

Beveiligingsproblemen: Hoewel Linux over het algemeen als veiliger wordt beschouwd dan Windows en macOS, bestaan ​​er nog steeds zorgen dat het kwetsbaar is voor malware. Bedrijven die zich zorgen maken over de veiligheid van hun gegevens zijn mogelijk terughoudend om Linux op de desktop te adopteren.

Kosten: Linux is doorgaans goedkoper dan Windows, maar het kan voor een bedrijf nog steeds een aanzienlijke investering zijn om een ​​Linux-desktopomgeving te implementeren en te onderhouden. Dit kan vooral het geval zijn als een bedrijf technische ondersteuning moet bieden aan zijn werknemers of als het extra software moet aanschaffen om Linux compatibel te maken met zijn bestaande systemen.

Gebruikersweerstand: Sommige gebruikers hebben mogelijk weerstand tegen verandering en zijn misschien niet bereid om over te stappen van het besturingssysteem waarmee ze vertrouwd zijn. Dit kan een groot obstakel zijn voor bedrijven die Linux op de desktop willen implementeren, omdat dit kan leiden tot een lagere productiviteit en weerstand bij werknemers.

Gebrek aan integratie: Linux is mogelijk niet compatibel met alle bestaande systemen van een bedrijf, wat het beheer en de ondersteuning ervan lastig kan maken. Dit kan leiden tot hogere kosten en inefficiëntie.

Moeilijkheid van gebruik: Sommige gebruikers vinden Linux misschien moeilijker te gebruiken dan Windows of macOS, wat kan leiden tot een lagere productiviteit. Dit kan vooral gelden voor gebruikers die niet bekend zijn met Linux.