* Minder controle over beveiligingsinstellingen: Speciale e-mailclients (zoals Thunderbird, Outlook, etc.) bieden vaak meer gedetailleerde controle over beveiligingsinstellingen, inclusief encryptie (zoals S/MIME of PGP) en het beheer van certificaten. Webmailinterfaces bieden doorgaans minder maatwerk op dit gebied. Hoewel veel webmailproviders encryptie aanbieden (vaak TLS/SSL voor transit), heeft de gebruiker mogelijk minder directe controle over de implementatie ervan en of deze consistent wordt toegepast.

* Afhankelijkheid van browserbeveiliging: Webmail is sterk afhankelijk van de veiligheid van uw webbrowser en zijn extensies. Als uw browser kwetsbaarheden bevat of onjuist is geconfigureerd, kan uw e-mailcommunicatie gevaar lopen, zelfs als de webmailservice zelf veilig is. Toegewijde clients hebben vaak meer ingebouwde beveiligingsfuncties, onafhankelijk van uw browser.

* Potentieel voor interferentie met browserextensies: Browserextensies, zelfs goedbedoelde, kunnen soms de veiligheid van webmaildiensten verstoren. Een kwaadaardige extensie kan mogelijk uw e-mail onderscheppen of compromitteren.

* Gebrek aan lokale gegevenscontrole: Met een speciale e-mailclient worden uw e-mails lokaal op uw apparaat opgeslagen. Dit geeft u meer controle over back-ups en gegevensbescherming. Webmail is volledig afhankelijk van de servers van de provider, waardoor u minder directe controle heeft over uw gegevens en de beveiliging ervan.

* Kwetsbaarheden in het systeem van de webmailprovider: De webmailservice zelf kan beveiligingsproblemen hebben die worden misbruikt om uw e-mail in gevaar te brengen. Hoewel gerenommeerde providers beveiliging serieus nemen, bestaat er altijd een risico.

Kortom, hoewel webmail handig is, kan het minder controle en potentieel minder robuuste beveiliging bieden dan een speciale e-mailclient, vooral als het gaat om encryptie en andere beveiligingen. Het beveiligingsniveau varieert aanzienlijk tussen verschillende webmailproviders.