* Verhoogde ontwikkelingscomplexiteit en onderhoud: De applicatieontwikkelaar moet alle aspecten van encryptie afhandelen, inclusief sleutelbeheer, het kiezen van geschikte algoritmen en werkingsmodi, het omgaan met opvulling en het aanpakken van potentiële kwetsbaarheden. Dit voegt aanzienlijke complexiteit toe aan de codebasis van de applicatie, waardoor de ontwikkeltijd, de kosten en de kans op bugs die tot beveiligingsfouten leiden toenemen. Het handhaven van veilige encryptie op verschillende platforms en versies wordt een aanzienlijke onderneming.

* Hogere overhead en prestatie-impact: Versleuteling op de applicatielaag voegt verwerkingsoverhead toe aan elk bericht. Dit kan aanzienlijk zijn, vooral bij grote datasets of toepassingen met veel verkeer, wat leidt tot tragere prestaties en een hoger verbruik van hulpbronnen (CPU en geheugen). Encryptie op een lager niveau profiteert vaak van hardwareversnelling, terwijl encryptie op de applicatielaag doorgaans ontbreekt.

* Moeilijke interoperabiliteit: Als meerdere applicaties veilig moeten communiceren, moeten ze het allemaal eens zijn over hetzelfde versleutelingsalgoritme, dezelfde modus en hetzelfde sleutelbeheerschema. Gebrek aan standaardisatie maakt interoperabiliteit moeilijk en verhindert vaak een naadloze integratie met andere systemen.

* Gebrek aan authenticatie en integriteit: Hoewel encryptie vertrouwelijkheid biedt, garandeert het niet automatisch authenticiteit of integriteit. Encryptie op de applicatielaag vereist vaak aanvullende mechanismen (bijvoorbeeld digitale handtekeningen, authenticatiecodes voor berichten) om de identiteit van de afzender te verifiëren en ervoor te zorgen dat er niet met gegevens is geknoeid. Het correct en veilig implementeren hiervan is een uitdaging.

* Kwetsbaarheid voor aanvallen: Een onjuiste implementatie van encryptie op de applicatielaag kan verschillende kwetsbaarheden introduceren. Bugs in de aangepaste encryptiecode kunnen exploiteerbare zwakheden creëren. Bovendien kunnen sleutels zonder goed sleutelbeheer in gevaar komen, waardoor de versleuteling onbruikbaar wordt. Het misbruiken van dergelijke kwetsbaarheden kan eenvoudiger zijn als de versleuteling niet goed wordt doorgelicht zoals bij gevestigde protocollen.

* Gebrek aan vertrouwelijkheid voor onderliggende protocollen: Door alleen op de applicatielaag te coderen, worden de onderliggende netwerkprotocollen (IP, TCP) in duidelijke tekst weergegeven. Dit betekent dat metagegevens zoals bron- en bestemmings-IP-adressen, poortnummers en pakketgroottes nog steeds zichtbaar zijn, waardoor mogelijk informatie over communicatiepatronen wordt onthuld.

* Heruitvinding van het wiel: Het veilig implementeren van encryptie is ongelooflijk complex. Door te vertrouwen op gevestigde en goed doorgelichte protocollen zoals TLS/SSL wordt het risico op fouten en kwetsbaarheden aanzienlijk verminderd in vergelijking met een aangepaste implementatie. Deze protocollen profiteren van uitgebreid onderzoek en verbeteringen in de loop van de tijd.

Samenvattend:hoewel encryptie op de applicatielaag *misschien* geschikt is voor zeer specifieke scenario's met weinig beveiliging, wordt het over het algemeen niet aanbevolen voor de meeste applicaties vanwege de aanzienlijke beveiligings- en prestatierisico's die daarmee gepaard gaan. Het gebruik van gestandaardiseerde encryptiemechanismen op de lagere lagen is de veel betere aanpak.