* Hoge kosten: De geïntegreerde schakelingen waren weliswaar kleiner en efficiënter dan discrete transistors, maar waren nog steeds duur in productie en aanschaf. Dit beperkte de toegankelijkheid ervan, vooral voor grote organisaties en overheden.

* Airconditioningvereisten: Hoewel de IC's efficiënter waren dan voorgaande generaties, genereerden ze nog steeds aanzienlijke warmte. Dit vereiste gespecialiseerde en dure airconditioningsystemen om ze betrouwbaar te laten functioneren. Dit droeg bij aan de totale kosten en complexiteit van de operatie.

* Beperkte software: Terwijl de softwareontwikkeling vorderde, was het nog een relatief jong vakgebied. Het aanbod aan beschikbare software voor computers van de derde generatie was minder uitgebreid vergeleken met latere generaties. Programmeren was ook vaak complexer en tijdrovender.

* Grootte en energieverbruik: Hoewel kleiner dan hun voorgangers, waren computers van de derde generatie nog steeds relatief groot en verbruikten ze aanzienlijk stroom in vergelijking met latere generaties.

* Reparatie en onderhoud: Hoewel ze betrouwbaarder waren dan eerdere computers, waren reparaties en onderhoud nog steeds complex en potentieel duur. Er waren gespecialiseerde technici nodig, wat de eigendomskosten nog verder opdreef.

* Beperkte verwerkingskracht (ten opzichte van latere generaties): Hoewel het een enorme verbetering is ten opzichte van voorgaande generaties, is de verwerkingskracht van computers van de derde generatie aanzienlijk minder dan wat beschikbaar is in moderne personal computers.

Het is belangrijk om te onthouden dat deze nadelen relatief zijn ten opzichte van latere technologische ontwikkelingen. Computers van de derde generatie vertegenwoordigden destijds een enorme sprong voorwaarts in de computerwereld, en hun beperkingen werden grotendeels overwonnen door volgende generaties.