Hoewel ze nog steeds kunnen lezen en schrijven naar de oudere vet (bestandstoewijzing) 32 Bestandssysteem, NTFS is de standaard en biedt aanzienlijke voordelen, zoals:

* Beveiliging: NTFS ondersteunt Granular Access Control Lists (ACL's), waardoor fijnkorrelige controle over bestands- en maprechten mogelijk is.

* Journaling: NTFS houdt een logboek van bestandssysteemwijzigingen bij, waardoor betrouwbaarder herstel mogelijk is in het geval van systeemcrashes of fouten.

* Compressie: NTFS maakt bestands- en mapcompressie mogelijk, waarbij schijfruimte wordt opgesproken.

* grotere bestanden en volumes: NTFS ondersteunt veel grotere bestandsgroottes en volumes dan FAT32.

* codering: NTFS biedt ingebouwde coderingsfuncties om gevoelige gegevens te beschermen.

Hoewel FAT32 nog steeds kan worden gebruikt voor specifieke doeleinden zoals externe schijven of oudere toepassingen, is NTFS het dominante bestandssysteem voor Windows 2000 en XP.