* Hoofdlettergevoeligheid: Unix-achtige systemen zijn inherent hoofdlettergevoelig. Dit betekent dat `mijnbestand.txt` en `Mijnbestand.txt` als geheel verschillende bestanden worden behandeld, wat tot fouten kan leiden als het niet zorgvuldig wordt beheerd. Dit is een aanzienlijk verschil met hoofdletterongevoelige systemen zoals Windows.

* Beperkingen van de padlengte: Hoewel moderne systemen deze limieten aanzienlijk hebben versoepeld, kunnen er nog steeds praktische beperkingen voor de padlengte bestaan, afhankelijk van het bestandssysteem en de implementatie. Extreem lange of diep geneste mapstructuren kunnen problemen veroorzaken.

* Prestatieproblemen met zeer grote bestandssystemen: Bij extreem grote bestandssystemen (honderden terabytes of petabytes) kunnen de prestaties afnemen bij bepaalde bewerkingen, vooral bij bewerkingen waarbij metagegevens worden beheerd. Dit is minder een zorg voor gemiddelde gebruikers, maar wordt relevant in grootschalige datacenters.

* Complexiteit: De onderliggende structuur en concepten van Unix-bestandssystemen kunnen behoorlijk complex zijn, waardoor ze moeilijker te begrijpen en te beheren zijn in vergelijking met eenvoudigere bestandssystemen. Deze complexiteit kan leiden tot een verhoogd risico op fouten als deze niet goed wordt begrepen.

* Inodebeperkingen: Elk bestand en elke map op een Unix-achtig systeem heeft een inode (indexknooppunt) waarin metagegevens over het bestand worden opgeslagen. Het aantal inodes ligt vast wanneer het bestandssysteem wordt aangemaakt. Als u geen inodes meer heeft, zelfs als er voldoende vrije schijfruimte is, kan dit het aanmaken van nieuwe bestanden of mappen verhinderen.

* Gefragmenteerde bestanden (ext2/ext3): Oudere ext2- en ext3-bestandssystemen zijn, ook al worden ze nog steeds gebruikt, gevoelig voor fragmentatie, wat na verloop van tijd kan leiden tot prestatievermindering als bestanden over de schijf verspreid raken. Ext4 en andere moderne bestandssystemen hebben dit aanzienlijk verbeterd, maar het blijft een potentieel probleem bij oudere systemen.

* Beveiligingsrisico's: Hoewel Unix-bestandssystemen sterke beveiligingsfuncties hebben, kunnen verkeerde configuraties of kwetsbaarheden nog steeds leiden tot inbreuken op de beveiliging. Een goede toegangscontrole en regelmatige beveiligingsupdates zijn cruciaal.

* Gebrek aan ingebouwd bestandsversiebeheer: In tegenstelling tot sommige andere bestandssystemen heeft Unix geen ingebouwd bestandsversiebeheer. Dit vereist afzonderlijke tools of mechanismen om verschillende versies van een bestand te beheren, wat de complexiteit vergroot.

Het is belangrijk op te merken dat veel van deze nadelen ofwel worden verzacht door moderne bestandssysteemimplementaties (zoals ext4, XFS, Btrfs), ofwel minder relevant zijn voor de gemiddelde gebruiker. Het begrijpen van deze potentiële nadelen is echter van cruciaal belang voor systeembeheerders en ontwikkelaars die in veeleisende omgevingen met Unix-achtige systemen werken.