* FAT16: Dit was het standaardbestandssysteem voor DOS- en vroege Windows -versies. Het was het standaardbestandssysteem voor kleinere harde schijven en dompelige schijven.

* FAT32: Geïntroduceerd met Windows 95 OSR2, FAT32 bood een grotere opslagcapaciteit in vergelijking met FAT16 en werd het voorkeursbestandssysteem voor harde schijven.

Windows 98 had ook beperkte ondersteuning voor het volgende:

* ntfs: Terwijl Windows 98 kon lezen NTFS -volumes, het kon geen schrijven aan hen. Dit betekende dat u toegang had tot bestanden op NTFS -partities, maar u kon geen nieuwe bestanden, mappen maken of bestaande wijzigen.

Het is belangrijk op te merken dat Windows 98 geen native andere bestandssystemen zoals ext2/3/4 (Linux) of HFS+ (macOS) ondersteunde.