De FASTA bestandsformaat is een op tekst gebaseerde formaat dat wordt gebruikt voor nucleotide en peptidensequenties vertegenwoordigen met single- letter codes . Het formaat ontstaan met de FASTA softwarepakket , ontwikkeld aan de Universiteit van Virginia . De FASTA formaat heeft zich ontwikkeld tot een standaard op het gebied van bio-informatica . Het is mogelijk om de FASTA softwarepakket te downloaden en te creëren en te vergelijken reeksen op je eigen Mac computer . Wat je
FASTA uitvoerbaar programma voor Mac OS X
Terminal programma
Need Toon Meer Aanwijzingen
1 Download een executable van FASTA gebouwd voor Mac OS X ( zie Resource 1 ) . Professor Pearson WR van de University of Virginia onderhoudt een site met broncode en binaire uitvoerbare bestanden voor een aantal platforms . Met ingang van februari 2012 , de laatste binaire versie van FASTA voor Mac OS X is fasta - 35.4.11.macosxuniv.tar.gz . Kopen van 2 Open een Finder -venster en navigeren met behulp van de linker zijbalk op uw downloaden map. Dubbelklik op het FASTA programma bestand dat u hebt gedownload . Dit zal decomprimeren en dearchiveert het pakket naar een submap genaamd " fasta - 35.4.11 " in je download map te creëren .
3 Open een Terminal -venster en ga naar de map Downloads vanaf de opdrachtregel . Het commando in Terminal zal worden " cd Downloads " als u het systeem standaardinstellingen gebruiken . Uit de map Downloads , type " cd fasta - 35.4.11 " naar de map FASTA voeren .
Type 4 het commando " bin/fasta35 - q seq/mgstm1.aa volgende /prot_test . LSEG " in het Terminal -venster . Dit zal een test zoeksequentie tegen een test bibliotheek uitvoeren . Als deze opdracht uitvoert behoren , zal u een overzicht van de scan tijden en volgorde resten te zien .
5 Maak een FASTA bestand met een teksteditor , zoals de TextEdit toepassing of de vi commando van de Terminal . Een FASTA bestand is een eenvoudig tekstbestand . De eerste regel van het bestand moet een " > " teken, gevolgd door een sequentie identifier bevatten . Uw FASTA bestand moet een DNA-sequentie op de overige lijnen
bevatten . |
