1. Beperkte functionaliteit: Hoewel ze een breed scala aan tools aanbieden, missen geïntegreerde pakketten vaak de diepte en gespecialiseerde functies in stand-alone applicaties. Dit kan een nadeel zijn voor professionals die geavanceerde functionaliteit nodig hebben op specifieke gebieden, zoals boekhouding, grafisch ontwerp of gegevensanalyse.

2. Leercurve: Geïntegreerde pakketten hebben meestal een steilere leercurve vanwege de complexiteit van het beheersen van meerdere toepassingen binnen een enkele interface. Gebruikers moeten mogelijk meer tijd investeren in training en vertrouwd raken met verschillende functies en workflows, die de productiviteit aanvankelijk kunnen belemmeren.