Gebruik een teksteditor.

PDB-bestanden zijn platte tekstbestanden, dus u kunt ze openen met elke teksteditor, zoals Kladblok of WordPad. U kunt de 3D-structuur van het molecuul echter niet in een teksteditor bekijken.

Gebruik een PDB-viewer.

Er zijn veel verschillende PDB-viewers beschikbaar, zowel gratis als commercieel. Enkele populaire opties zijn onder meer:

- PyMOL: Een gratis en open-source PDB-viewer met een breed scala aan functies.

- VMD: Een gratis en open-source PDB-viewer die bijzonder geschikt is voor het visualiseren van grote moleculen.

- Hersenschim: Een commerciële PDB-viewer die bekend staat om zijn gebruiksvriendelijke interface en uitgebreide functieset.

Om een ​​PDB-bestand in een PDB-viewer te openen, selecteert u eenvoudigweg het menu-item Bestand> Openen en bladert u naar het PDB-bestand dat u wilt openen. De PDB-viewer laadt vervolgens het bestand en geeft de 3D-structuur van het molecuul weer.

Gebruik een webbrowser.

Er zijn ook een aantal webbrowsers die PDB-bestanden kunnen weergeven. Enkele populaire opties zijn onder meer:

- RCSB Eiwitgegevensbank: De officiële website van de Protein Data Bank, die een grote verzameling PDB-bestanden host.

- Mol* Kijker: Een gratis en open-source webgebaseerde PDB-viewer waarmee u de 3D-structuur van moleculen in uw webbrowser kunt bekijken.

- JSmol: Een gratis en open-source Java-gebaseerde PDB-viewer waarmee u de 3D-structuur van moleculen in uw webbrowser kunt bekijken.

Om een ​​PDB-bestand in een webbrowser te openen, kopieert en plakt u eenvoudigweg de PDB-ID in de zoekbalk van de webbrowser. De webbrowser laadt vervolgens het PDB-bestand en geeft de 3D-structuur van het molecuul weer.