SAM staat voor Sequence Alignment Map en is een standaardformaat voor het opslaan van sequentie-uitlijningsgegevens. SAM-bestanden bevinden zich doorgaans in dezelfde map of directory als de andere invoergegevens, zoals FASTA-bestanden of FASTQ-bestanden. Ze zijn ook te vinden in de uitvoermap of directory van een sequentieanalyseprogramma. |