Het FAT-bestandssysteem heeft verschillende beperkingen:

Beperkingen van de bestandsgrootte: FAT16 ondersteunt een maximale bestandsgrootte van 2 GB, terwijl FAT32 een maximale bestandsgrootte van 4 GB ondersteunt. Dit kan een beperking zijn voor grote bestanden, zoals afbeeldingen of video's met een hoge resolutie.

Beperkingen van de partitiegrootte: FAT16 ondersteunt een maximale partitiegrootte van 2 GB, terwijl FAT32 een maximale partitiegrootte van 32 GB ondersteunt. Dit kan een beperking zijn voor grote opslagapparaten, zoals harde schijven of solid-state drives.

Aantal bestanden per map: FAT16 heeft een limiet van 512 vermeldingen per map, terwijl FAT32 een limiet heeft van 65.536 vermeldingen per map. Dit kan een beperking zijn voor mappen met een groot aantal bestanden.

Prestaties: FAT is qua prestaties niet zo efficiënt als andere bestandssystemen, zoals NTFS. Dit komt omdat FAT ruimte voor bestanden op een aaneengesloten manier moet toewijzen, wat kan leiden tot fragmentatie en langzamere prestaties.

Beveiliging: FAT biedt geen ingebouwde beveiligingsfuncties. Dit betekent dat bestanden op een FAT-partitie niet zijn gecodeerd of beschermd tegen ongeoorloofde toegang.

Over het geheel genomen is het FAT-bestandssysteem een ​​eenvoudig en gemakkelijk te gebruiken bestandssysteem dat geschikt is voor kleine opslagapparaten en apparaten die geen groot aantal bestanden of grote bestandsgroottes vereisen. Voor grotere opslagapparaten of apparaten die meer geavanceerde functies vereisen, zoals beveiliging en prestaties, wordt echter aanbevolen een ander bestandssysteem te gebruiken, zoals NTFS.