- AAC (geavanceerde audiocodering) :dit is een audiocompressieformaat met verlies dat goede kwaliteit biedt bij relatief kleine bestandsgroottes. iTunes gebruikt AAC voor de meeste muziekbestanden, inclusief bestanden die zijn gekocht bij de iTunes Store.

- MP3 (MPEG-1 audiolaag 3) :MP3, een ander audiocompressieformaat met verlies, is een van de meest gebruikte formaten ter wereld. Het wordt ondersteund door bijna alle apparaten die audiobestanden afspelen. iTunes gebruikt ook MP3 voor sommige muziekbestanden, inclusief bestanden die van cd's zijn geript.

- WAV (Waveform Audio Format) :een verliesvrij audiobestandsformaat waarbij de originele audiogegevens behouden blijven. WAV-bestanden zijn groot van formaat, maar bieden geluid van de hoogste kwaliteit. iTunes kan WAV-bestanden afspelen, maar deze worden niet door alle apparaten ondersteund.

- AIFF (Audio Interchange File Format) :AIFF, een ander verliesvrij audiobestandsformaat, is vergelijkbaar met WAV, maar wordt vaker gebruikt op Apple-apparaten. iTunes ondersteunt AIFF-bestanden en ze zijn een goede optie voor het afspelen van audio van hoge kwaliteit op Mac- en iOS-apparaten.

Naast deze audioformaten kan iTunes ook videobestanden in de volgende formaten afspelen en beheren:

- MP4 (MPEG-4) :een containerformaat dat video, audio en ondertitels kan bevatten. MP4 wordt ondersteund door vrijwel alle apparaten die videobestanden afspelen.

- MOV (QuickTime-film) :het eigen videobestandsformaat van Apple. MOV-bestanden kunnen worden afgespeeld op Mac- en iOS-apparaten en worden ook ondersteund door software van derden.

- M4V (MPEG-4-video) :een variant van het MP4-formaat dat wordt gebruikt voor videobestanden die zijn gekocht bij de iTunes Store. M4V-bestanden zijn beveiligd door DRM (Digital Rights Management) en kunnen alleen op geautoriseerde apparaten worden afgespeeld.

Bovendien kan iTunes podcasts in de volgende formaten beheren:

- MP3

- AAC

- M4B (MPEG-4 audioboek) :een containerformaat dat audioboeken kan bevatten, evenals metagegevens zoals hoofdstukmarkeringen en omslagillustraties. M4B-bestanden zijn beveiligd door DRM en kunnen alleen op geautoriseerde apparaten worden afgespeeld.

- PDF (draagbaar documentformaat) :een bestandsindeling die wordt gebruikt voor documenten die op verschillende apparaten kunnen worden bekeken en afgedrukt. iTunes kan PDF-bestanden beheren die podcasts bevatten, zoals bestanden gemaakt door de BBC en NPR.