Het gebruik van webmail (zoals Gmail dat toegankelijk is via een browser, in tegenstelling tot een speciale e-mailclient zoals Outlook of Thunderbird) kan bepaalde ingebouwde functies en beveiligingsmaatregelen omzeilen die te vinden zijn in desktop-e-mailclients. Dit is waarom:

* Codering: Desktop-e-mailclients bieden vaak een meer gedetailleerde controle over encryptie (bijvoorbeeld S/MIME of PGP). Webmailinterfaces bieden mogelijk versleuteling (zoals TLS voor doorvoer), maar het configureren van meer geavanceerde end-to-end-versleuteling kan moeilijker of niet beschikbaar zijn.

* Beveiligingsfuncties: Desktopclients hebben mogelijk ingebouwde spamfilters, virusscanners of andere beveiligingsfuncties die minder robuust zijn of ontbreken in de webmailinterface.

* Lokale controle: Desktopclients geven u meer controle over uw lokale gegevens, inclusief back-ups en waar uw e-mails worden opgeslagen. Webmail is afhankelijk van de servers van de provider en hun beveiligingspraktijken.

* Extensies en plug-ins: Desktop-e-mailclients ondersteunen vaak extensies en plug-ins die de functionaliteit en beveiliging verbeteren, die over het algemeen niet beschikbaar zijn in webmail.

Hoewel webmail dus gemak biedt, kan het een aantal beveiligingsfuncties en geavanceerde functionaliteiten die beschikbaar zijn in speciale e-mailclients in gevaar brengen.