* Lagere verwerkingskracht en geheugen: Microcomputers hebben traditioneel aanzienlijk minder verwerkingskracht en RAM dan minicomputers, waardoor ze minder goed in staat zijn om complexe taken, grote datasets of meerdere gebruikers tegelijk uit te voeren. Hoewel moderne high-end pc's krachtig zijn, blijven ze over het algemeen nog steeds achter bij de verwerkingsmogelijkheden van zelfs minicomputers uit het middensegment uit hun hoogtijdagen.

* Beperkte opslagcapaciteit (historisch): Hoewel de opslagcapaciteit voor microcomputers dramatisch is toegenomen, hadden microcomputers historisch gezien veel minder opslagcapaciteit dan minicomputers. Dit beperkte de grootte van databases en applicaties die konden worden uitgevoerd.

* Minder robuust en betrouwbaar (historisch gezien): Minicomputers werden over het algemeen gebouwd voor een hogere betrouwbaarheid en uptime, met functies zoals redundante componenten en robuuste koelsystemen. Vroege microcomputers waren gevoeliger voor storingen. Moderne microcomputers zijn qua betrouwbaarheid aanzienlijk verbeterd, maar missen doorgaans nog steeds het niveau van redundantie dat wordt aangetroffen in systemen op bedrijfsniveau.

* Minder randopties (historisch gezien): Minicomputers ondersteunden vaak een breder scala aan randapparatuur en gespecialiseerde interfaces vergeleken met vroege microcomputers.

* Hogere kosten per eenheid (voor hoogwaardige verwerking): Hoewel individuele microcomputers relatief goedkoop zijn, zou het bereiken van de verwerkingskracht van een krachtige minicomputer een cluster van zeer hoogwaardige microcomputers vereisen, waardoor de totale kosten aanzienlijk hoger zouden worden.

Het is belangrijk op te merken dat het onderscheid tussen microcomputers en minicomputers grotendeels historisch is. Moderne serverparken die uit veel microcomputers bestaan, kunnen gemakkelijk beter presteren dan elke minicomputer die ooit is gebouwd. Het marktsegment voor minicomputers is grotendeels verdwenen en wordt geabsorbeerd door flexibelere en schaalbare servertechnologie op basis van microprocessors.