Primaire functies:

* Cursorbesturing: Dit is de meest fundamentele functie. Als u de muis beweegt, wordt een cursor (aanwijzer) op het scherm verplaatst, waardoor u kunt communiceren met elementen op het scherm.

* Selectie: Door te klikken (een knop indrukken en loslaten) worden items, tekst of pictogrammen geselecteerd. Hierdoor kunt u communiceren met het geselecteerde element:een bestand openen, tekst bewerken, enz.

* Navigatie: Door te klikken en te slepen verplaatst u objecten of bladert u door documenten of webpagina's.

Secundaire functies (vaak gebruikmakend van meerdere knoppen en/of scrollen):

* Contextuele menu's: Door met de rechtermuisknop te klikken (of op een andere toegewezen knop) wordt doorgaans een contextueel menu weergegeven met opties die relevant zijn voor het geselecteerde item of de geselecteerde locatie op het scherm.

* Scrollen: Met een scrollwiel (of een soortgelijk mechanisme) kunt u eenvoudig door documenten, webpagina's of andere scrollbare inhoud bladeren.

* Zoomen: Sommige muizen hebben knoppen of gebaren om in en uit te zoomen op afbeeldingen of documenten.

* Applicatiespecifieke acties: Bepaalde muizen hebben programmeerbare knoppen die kunnen worden toegewezen aan specifieke snelkoppelingen of opdrachten binnen individuele toepassingen. Dit is met name handig voor het stroomlijnen van workflows in creatieve software of games.

* Gebaarherkenning: Geavanceerde muizen kunnen handbewegingen over het oppervlak interpreteren om extra functionaliteiten te bieden, zoals vegen om van pagina te wisselen of inzoomen.

In wezen fungeert de muis als een primair interface-apparaat dat nauwkeurige interactie met grafische gebruikersinterfaces (GUI's) mogelijk maakt. De specifieke functies gaan verder dan de basis, afhankelijk van de mogelijkheden van de muis en de gebruikte software.