* Aanwijzen en klikken: De meest eenvoudige vorm, waarbij de cursor naar een specifiek punt op het scherm wordt verplaatst en op een muisknop wordt gedrukt (meestal de linkerknop). Dit wordt gebruikt om items te selecteren, bestanden te openen, opdrachten te activeren, enz.

* Slepen en neerzetten: Een item selecteren en naar een andere locatie verplaatsen door de muisknop ingedrukt te houden terwijl u de cursor beweegt. Dit wordt gebruikt voor het verplaatsen van bestanden, het wijzigen van de grootte van vensters en vele andere acties.

* Rechtsklikken (contextmenu's): Door op de rechtermuisknop te drukken, wordt een contextgevoelig menu geopend met opties die specifiek zijn voor het item waarop wordt geklikt.

* Dubbelklikken: Door tweemaal snel achter elkaar op de linkermuisknop te drukken, kunt u bestanden en mappen openen of programma's uitvoeren.

* Scrollen: Een scrollwiel of een ander muisgebaar gebruiken om door een document of webpagina te bladeren.

* Muiswiel klikken: Door op het scrollwiel te drukken om een ​​specifieke actie uit te voeren (deze functionaliteit varieert afhankelijk van de applicatie en het besturingssysteem).

* Gebaren (op muizen met geavanceerde functies): Bij sommige moderne muizen zijn gebaren zoals vegen of andere acties met meerdere vingers mogelijk om specifieke taken uit te voeren, die vaak door de gebruiker kunnen worden aangepast.

In bredere zin kan 'muismanipulatie' ook verwijzen naar technieken die worden gebruikt om de efficiëntie en precisie bij het gebruik van een muis te verbeteren, zoals het leren gebruiken van de muis met uw hele arm in plaats van alleen met uw pols voor meer controle en snelheid. Het kan ook verwijzen naar de methoden die door kwaadaardige software worden gebruikt om de muiscursor te besturen en acties uit te voeren zonder medeweten van de gebruiker, als onderdeel van een muiskapingsaanval.