Er zijn echter enkele beperkingen:

* Maximale partitiegrootte: Terwijl FAT32 technisch tot 2 TB ondersteunt, is de maximale partitiegrootte 32 GB Bij het formatteren met Windows. Dit betekent dat u een enkele partitie van maximaal 32 GB op een schijf kunt maken, maar niet groter.

* Limiet van bestandsgrootte: De maximale bestandsgrootte in FAT32 is 4 GB .

Vanwege deze beperkingen wordt FAT32 over het algemeen niet aanbevolen voor grotere harde schijven of voor het opslaan van grote bestanden. Voor grotere schijven is het het beste om een ​​nieuwer bestandssysteem zoals NTFS of ExFAT te gebruiken.