* Langzaam proces: Vergeleken met traditionele methoden zoals smelten is bio-uitloging aanzienlijk langzamer. Dit kan de tijd die nodig is om metalen te winnen aanzienlijk verlengen, wat een impact heeft op de algemene projecttijdlijnen en winstgevendheid.

* Gevoeligheid voor omgevingsomstandigheden: Bioleaching is afhankelijk van specifieke micro-organismen die gevoelig zijn voor veranderingen in pH, temperatuur, zuurstofniveaus en de aanwezigheid van remmers. Het handhaven van optimale omstandigheden kan een uitdaging en duur zijn, en vereist nauwkeurige controle en monitoring. Fluctuaties kunnen de efficiëntie drastisch verminderen of zelfs het proces stopzetten.

* Onvolledige metaalextractie: Bioleaching haalt mogelijk niet alle waardevolle metalen uit het erts. Sommige metalen kunnen in het vaste residu achterblijven, wat leidt tot lagere totale terugwinningspercentages vergeleken met andere methoden. Dit kan met name het geval zijn voor complexe ertsen met vuurvaste mineralen.

* Afvalproductie: Hoewel potentieel minder giftig dan traditioneel smeltafval, genereert bio-uitloging nog steeds afvalproducten zoals gebruikte uitloogoplossingen en resterende biomassa. Deze vereisen een zorgvuldig beheer om milieuverontreiniging te voorkomen. De oplossingen bevatten vaak restmetalen en chemicaliën die moeten worden behandeld voordat ze worden afgevoerd.

* Moeilijkheden met vuurvaste ertsen: Sommige ertsen zijn resistent tegen bio-uitloging vanwege hun minerale samenstelling of fysieke structuur. De micro-organismen kunnen moeite hebben om toegang te krijgen tot de metalen in deze ertsen, waardoor de toepasbaarheid van de techniek wordt beperkt.

* Hoge kapitaal- en bedrijfskosten: Hoewel vaak aangeprezen als milieuvriendelijk, kan het opzetten van een bio-uitloogoperatie duur zijn. De behoefte aan geavanceerde bewakings- en controlesystemen, samen met gespecialiseerde apparatuur, kan de totale kosten verhogen. Het handhaven van de steriliteit en het beheren van de complexe biologische processen kunnen ook kostbaar zijn.

* Risico op microbiële besmetting: Het gebruik van specifieke micro-organismen brengt een risico met zich mee van ongewenste microbiële groei of besmetting, wat mogelijk de efficiëntie van het proces beïnvloedt of tot veiligheidsproblemen leidt.

* Schaalbaarheidsuitdagingen: Het opschalen van bio-uitloogactiviteiten van laboratorium- of pilotschaal naar industriële schaal kan technisch moeilijk en duur zijn. Het handhaven van consistente microbiële activiteit en omgevingscontrole wordt op grotere schaal steeds complexer.

Deze nadelen moeten zorgvuldig worden overwogen bij het evalueren van de haalbaarheid en kosteneffectiviteit van bioleaching voor een bepaalde toepassing. De voordelen van bio-uitloging, zoals de lagere impact op het milieu, moeten vaak tegen deze uitdagingen worden afgewogen.