Gebruikersinterface: Veel gebruikers beschouwen de iTunes-interface als rommelig en verwarrend, vooral in vergelijking met de meer gestroomlijnde muziekbibliotheken die beschikbaar zijn voor pc's.

Bloatware :iTunes bevat veel functies die niets te maken hebben met muziekbeheer, zoals films, tv-programma's, podcasts en app-beheer, die door sommige gebruikers als onnodig en hulpbronnenintensief worden beschouwd.

Beperkte aanpassingen: iTunes biedt beperkte opties voor het aanpassen van de gebruikersinterface of afspeelinstellingen, waardoor het minder flexibel is voor ervaren gebruikers.

Synchronisatieproblemen: Gebruikers hebben synchronisatieproblemen gemeld tussen iTunes op een pc en hun iOS-apparaten, soms resulterend in verloren of gedupliceerde muziek, foto's of andere bestanden.

Hoge RAM en CPU :De software heeft een ontwerp dat veel hulpbronnen verbruikt en vanwege de vele mogelijkheden kan het prestatie- en optimalisatieproblemen veroorzaken. Dit heeft zelfs invloed op geavanceerde computers, waardoor ze trager worden,

Regelmatige updates: iTunes ontvangt regelmatig updates, die bedoeld zijn om bugs op te lossen en nieuwe functies toe te voegen, maar die het stabiele gebruik kunnen verstoren en extra tijd en beheer van gebruikers kunnen vergen.

Alternatief: Windows-pc's worden nu geleverd met de native Groove Music-applicatie of Windows Media Player . Deze alternatieven zijn rechtstreeks bedoeld voor pc-gebruikers, zonder dat ze speciale applicaties zoals iTunes voor hun muziekbibliotheken hoeven te installeren. Deze integratie, verbeterde prestaties, minder eisen aan bronnen en gebruiksvriendelijke interfaces hebben pc-gebruikers gemotiveerd om iTunes geleidelijk te verlaten.