In het begin van het spel , een mysterieus bedrijf genaamd Abstergo ontvoert Desmond , die hem plaatsen in een apparaat genaamd de Animus om hem de herinneringen van zijn voorvaderen te dwingen te herbeleven . Als Altair , Desmond reist het Heilige Land tijdens de kruistochten , het vermoorden Templar agenten die proberen de wereld over te nemen . Elke agent vermoordt hij voorziet in een ander stukje van de puzzel , waardoor hij dieper in de samenzweringen van zijn tegenstanders en dichter bij de waarheid .
Betrayal

Altair
tracks de negende Templar naar het Heilige Land hof van koning Richard zelf , het doden van de Tempeliers in de aanwezigheid van de Lionheart 's . Met zijn laatste adem , maar de Tempeliers onthult de ware hoofd van hun samenzwering : eigen leraar Altair 's , Al Mualim . Al Mualim heeft gebruik gemaakt van een krachtig artefact genaamd een " Piece of Eden " om de volgorde van Assassins ondermijnen , en Altair moeten huis terug te keren naar zijn vroegere meester gezicht en vrij zijn broeders van zijn controle . Met de hulp van de weinige Assassins die hun vrije wil behouden , Altair maakt zijn weg naar de vesting tersluiks , alleen het slachtoffer van Al Mualim 's vreemd artefact , bevroren in de plaats .
Final Battle

Al Mualim probeert te maken Altair accepteren dat de controle van de mensheid is de enige ware weg naar vrede , maar Altair weigert te geloven in de ondermijning van de vrije wil . Hij realiseerde zich dat hij nooit zijn leerling zal omzetten , Al Mualim stuurt een menigte van Tempeliers om hem aan te vallen , na die met meerdere illusoire kopieën van zichzelf . Altair nederlagen elk van deze aanslagen , eindelijk tegenover de oude man alleen. Al Mualim maakt gebruik van de geestverruimende bevoegdheden van de Piece of Eden tegen Altair in de strijd , maar de jongere Assassin slaagt in het doden van zijn meester en het in bezit nemen van het artefact , die een driedimensionale kaart van de hele wereld projecteert .

The Ending

Abstergo
trekt Desmond uit de Animus , waaruit blijkt dat de kaart was hun ultieme doel . Nu in het bezit zijn van de locatie van meer Pieces of Eden , een ongeziene hogerhand dood Desmond 's , maar de assistente Lucy stelt dat ze nog steeds zijn herinneringen kan nodig zijn . Desmond uitstel wordt verleend , en als de Abstergo medewerkers vergrendelen hem in de faciliteit , begint hij opeens te gloeien rode patronen op de vloeren en de muren van de kamer zien , dankzij een visueel vermogen alleen Assassins kunnen beheersen . Het spel eindigt met Desmond nadenken over de betekenis van deze symbolen en de identiteit van de persoon die ze geschapen .