Open een teksteditor met een leeg tekstbestand naar een nieuwe Perl- programma te beginnen . Kopen van 2

Begin het programma door het opgeven van de locatie van Perl op uw systeem . Dit is normaal gesproken " /usr /bin /perl " of " /usr /local /bin /perl . "

# ! /Usr /bin /perl
3

Import de " strikte " en " File :: Basisnaam " bibliotheken . De " File :: Basisnaam " library ondersteunt parsing van bestandspaden en extensies . De " strikte " library beperkt onveilige constructies , het gooien van een fout tijdens compilatie dan tijdens de uitvoering.

Gebruik strictuse Bestand
:: Basisnaam
4

Lees het argument variabele vanaf de opdrachtregel . Uw programma , moet u kiezen om het te noemen " fasta_extract.pl , " zullen verwachten te worden gezien de locatie van een FASTA bestand en parameters om sequenties kiezen om uit te pakken . De eerste parameter zal een FASTA bestandsnaam zijn en de tweede zal een string voor patroonherkenning zijn. Argument variabele zijn toegankelijk vanaf de " $ ARGV " matrix

mijn $ fasta_file = $ ARGV [ 0 ] ; . Mijn $ patroon = $ ARGV [ 1 ] ;
5

Open het FASTA bestand met de functie "open ( ) " . | U vindt het programma te stoppen als het bestand met behulp van de " matrijs " commando niet kan openen

geopend
( INPUT , $ fasta_file ) opgeven | sterven " . Kan FASTA bestand niet openen \\ n" ; . < Br >
6

toewijzen variabele naar uw sequentie en header bevatten als je het FASTA bestand ontleden

mijn
( $ opeenvolging , $ prev_header ) = ( 0 , " " , '' ) . ;

Loop 7 via de lijnen van uw FASTA bestand naar kopregel begin identificeren met " > " die overeenkomen met uw opgegeven patroon .

terwijl ( ) { mijn $ this_line = $ _ ; # Format lijn terug , verwijder afsluitende newline $ this_line = ~ s /\\ r \\ n /\\ n /; chomp $ this_line ; . # voegen sequentie indien het einde van het bestand $ sequence = un ( $ this_line ) indien ( eof ( INPUT ) ) ; # Als regel is een header die beginnen met " > " of het einde van fileif ( /\\ > ( * ) /| | eof ( INPUT ) . ) { my $ header = $ 1 ; # Als alle volgorde gelezen , en header wedstrijden , exporteren sequenceprint " > $ prev_header \\ n $ volgorde \\ n " if ( $ prev_header = ~ /$ patroon /) ; $ prev_header = $ header ; $ sequence = '' ; } else { # voegen volgorde $ sequence = $ this_line ; . } }
8

Sluit uw geopende FASTA bestand

dicht
( INPUT ) ; .
9

Voer uw Perl script en exporteren bijpassende sequenties tot het dossier door het uitvoeren en het bijsturen van de uitgang .

fasta_extract.pl my_file.fasta my_seq
* > extracted_seq.fasta
< br >